內分泌系統疾病包括腦垂腺、甲狀腺、副甲狀腺、骨質疏鬆症、腎上腺皮質及髓質、性腺的功能異常及腫瘤；新陳代謝疾病則包括糖尿病、低血糖、胰臟內分泌腫瘤等。近年來國內雖分為內分泌學會及糖尿病學會兩個學會，但兩學會學術活動時常合併舉行，專科醫師考照也合併為ㄧ。
糖尿病的診療須結合醫師、護理師、營養師的力量，對門診及住院糖尿病患者的加強衛教工作尚須包括藥劑師、社工師形成一「共同照護網」，本院行之已久，成果豐碩，頗受好評。近年來肥胖症及代謝症候群已成為重要的預防與診療課題。
內分泌系統疾病中，則以甲狀腺、腎上腺及骨質疏鬆疾患為最多，甲狀腺患者大多數在門診診療，需要手術時才會住院（外科）。
各種糖尿病及其急性、慢性併發症的診療。低血糖、胰臟內分泌腫瘤。
腦垂體疾病（功能不足、引起巨人症或肢端肥大症的腦垂腺瘤、引起庫欣氏症的腦垂腺瘤、乳促素腦垂腺瘤等）。
甲狀腺機能亢進、機能低下症、甲狀腺結節、甲狀腺炎（急、亞急、慢性）、甲狀腺癌。
副甲狀腺高能、低能症及腺瘤或增生、腎上腺（皮質、髓質）功能異常及腫瘤、性腺等功能異常及腫瘤。
骨質疏鬆症、肥胖及代謝症候群的診療。
糖尿病篩檢、診斷及急、慢性併發症（眼底、腎臟、自主及週邊經病變）檢查、足部血流循環檢查（踝肱指數）。
提供完整的荷爾蒙血中濃度定量、各內分泌腺體的功能檢查、生化及電解質測定。
甲狀腺超音波、甲狀腺及副甲狀腺的細針穿刺細胞檢查、甲狀腺癌手術後追蹤。
骨質疏鬆症的檢查（骨密度、各種骨代謝標幟），例如Osteocalcin及Bone Isoenzyme of Alkaline Phosphatase等Bone Markers，為骨質疏鬆症的治療提供準確的指標。